En Subnautica 2, los jugadores enfrentan un desafío significativo al intentar consumir la vida marina del planeta, ya que no pueden digerir sus formas de vida. Aunque se pueden capturar y cocinar diversos peces, continúan apareciendo advertencias de "incompatibilidad digestiva". Para avanzar en el juego, es necesario resolver este problema de digestión.
El juego introduce un sistema donde el código genético puede transferirse entre organismos, permitiendo que los jugadores adapten características de las criaturas locales a su fisiología humana. Desde el inicio, los jugadores deben interactuar con un gran capullo brillante para ajustarse a la presión del entorno. Este proceso debe repetirse para obtener las enzimas digestivas requeridas para consumir la flora y fauna locales.
Una vez adaptados, los jugadores pueden empezar a digerir alimentos, como el pez pequeño Halfmoon, que se puede capturar fácilmente y cocinar con el fabricador. También se puede crear una "ensalada aceitosa" a partir de pulpa fibrosa recolectada de plantas como la Whip Gorgon, utilizando el Multitool de supervivencia, que requiere solo 3 titanios para ser fabricado.
